1- ماده 49 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران
- دولت موظف است برای زمینه سازی و تربیت نیروی انسانی متخصص و متعهد، دانش مدار، خلاق و کار آفرین، منطبق با نیازهای نهضت نرم افزاری با هدف توسعه کمی و کیفی، از ابتدای برنامه چهارم اقدامات ذیل را در ماموریت ها و ساختار دانشگاهها و موسسات آموزش عالی برای پاسخگویی به نیازهای بخش های مختلف کشور به انجام برساند:
الف- دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی دولت و همچنین فرهنگستانهای تخصصی که دارای مجوز از شورای گسترش آموزش عالی وزارتخانه های علوم، تحقیقات وفناوری وبهداشت، درمان و آموزش پزشکی و سایر مراجع قانونی ذیربط می باشند صرفا بر اساس آیین نامه ها و مقررات اداری، مالی، استخدامی و تشکیلاتی خاص، مصوب هیات های امنای مربوطه که به تایید وزرای علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی حسب مورد می رسد، بدون الزام به رعایت قانون محاسبات عمومی، قانون استخدام کشوری و سایر قوانین و مقررات عمومی اداری و مالی و استخدامی اداره خواهند شد و تا زمانی که آیین نامه ها و مقررات مورد نیاز به تصویب هیات عمومی دولت بر اساس قیمت تمام شده به دستگاههای اجرایی یادشده اختصاص می یابد. اعتبارت هزینه ای، تملک دارییهای سرمایه ای و اختصاصی این موسسات کمک تلقی شده و پس از پرداخت به هزینه قطعی منظور می گردد .
سهم دولت در هزینه های آموزش عالی بخش دولتی بر مبنای هزینه سرانه تعیین و نسبت آن به بودجه عمومی دولت بر اساس رشد پوشش جمعیت دانشجویی در مقایسه با عدد مشابه در برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران افزایش می یابد.
ب- هرگونه اصلاح ساختار مالی، اداری، استخدامی و تشکیلاتی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی دولتی و همچنین فرهنگستانهای تخصصی منحصرا مشمول مفاد این ماده می باشند.

2- لایحه قانونی انحلال هیات های امنای دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی اعم از دولتی و غیردولتی و خصوصی13/12/57
ماده واحده: به منظور جلوگیری از توقف امور و رفع مشکلات و تسریع گردش کار کلیه واحد های آموزش عالی و پژوهشی از تاریخ پنجم اسفند ماه 1357 کلیه هیاتهای امنای کلیه دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی اعم از دولتی، غیر دولتی و خصوصی منحل و وظایف شورای مرکزی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی کشور و دبیر کل آن تا تصویب قانون استقلال دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی موقتاً به هیاتی مرکب از وزیر علوم و فرهنگ و هنر وزرای مشاور در سازمان برنامه و طرحهای انقلاب واگذار می شود.

مصوب واحده- وظائف هیئت سه نفری جانشین هیئت های امناء مندرج در لایحه قانونی انحلال هیاتهای امنای کلیه دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی اعم از دولتی و غیر دولتی و خصوصی مصوب 13/12/1357 و تبصره 2 اصلاحی لایحه قانونی و انحلال هیاتهای امناء دانشگاهها مصوب 17/3/58 به هیاتی مرکب از جناب آقای دکتر سحافی وزیر مشاور و سرپرست سازمان برنامه و بودجه و وزیر فرهنگ و آموزش عالی یا نمایندگان تام الاختیار آنان واگذار می گردد.

لایحه راجع به اجازه به هیات سه نفری جانشین هیاتهای امناء
ماده واحده- به هیئت سه نفری جانشین هیاتهای امناء اجازه داده می شود نسبت به عملکرد بودجه سال 1357 و اصلاح بودجه سال مزبور و همچنین در آمدهای اختصاصی سال 1358 دانشگاهها و موسسات آموزش عالی به موقع به تائید هیات امناء مربوطه نرسیده است اقدام نمایند.
قانون فوق مشتمل بر ماده واحده در جلسه روز پنجشنبه بیست و سوم مهر ماه یکهزار و سیصد و شصت مجلس شورای اسلامی تصویب و به تائید شورای نگهبان رسید.
رئیس مجلس شورای اسلامی- اکبر هاشمی رفسنجانی

3- اصلاح ماده(1) و ماده (5) قانون تشکیل هیاتهای امناء دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب دویست و هفتادو هفتمین جلسه مورخ 25/1/71 شورای عالی انقلاب فرهنگی)
انجام اصلاحات زیر در متن قانون تشکیل هیات های امناء دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی (موضوع مصوبه شماره 386/ د ش مورخ 29/1/68 شورای عالی ) به تصویب رسید. و آموزش پزشکی برای دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی و مو.سسات پژوهشی وابسته به خود (موسسات پژوهشی که وابسته به دو وزارتخانه های فوق بوده و شامل مراکز پژوهشی وابسته به دانشگاه ها نمی شود) که دراین قانون "موسسه" نامیده می شود هیئت امنائی با ترکیب ذیل تشکیل خواهند داد.
درمتن ماده (5) جمله "در چنین مواردی کلیه روسای دانشگاهها عضو هیئت امناء می باشند" به جمله "در چنین مواردی کلیه روسای موسسات عضو هیات امناء می باشند" اصلاح می شود.

4- اصلاح و تکمیل قانون تشکیل هیات های امناء دانشگاهها در رابطه با ترکیب هیاتهای مذکور(مصوب دویست و سی و نهمین جلسه مورخ 30/11/69 شورایعالی انقلاب فرهنگی)
ماده (2) و تبصره ماده 6 قانون تشکیل هیاتهای امناء دانشگاهها و موسسات پژوهشی ( موضوع مصوبه شماره 386/ د ش مورخ 29/1/68 شورایعالی انقلاب فرهنگی)به شرح زیر اصلاح و تکمیل می گردد.

الف: ماده 2- ( اصلاحی ) اعضای بند ( ج) به پیشنهاد وزیر مربوط و بنا به تصمیم رئیس شورایعالی انقلاب فرهنگی به جلسه شورایعالی جهت بررسی و تصمیم گیری مشورتی معرفی شده و ریاست جمهوری بر مبنای نتیجه حاصل از شورا احکام مربوط را برای 4 سال عضویت در هیاتهای مذکور امضاء می نماید. اعضای مذکور در یک زمان حداکثر می تواند عضویت در دو هیات امناء را دارا باشند و انتخاب مجدد ایشان بلامانع است.

تبصره (الحاقی) رئیس شورایعالی به منظور تسریع در پیشرفت کار می تواند بنا به تشخیص خود چند نفر را بجای شورایعالی مامور انجام بررسی و تصمیم گیری مشورتی بنماید.

تبصره ماده 6- (اصلاحی)- دراین گونه موسسات انتصاب سایر اعضای بند (ج) ماده (1) به پیشنهاد وزیر یا مسئول سازمان مربوطه مطابق روش ماده 2 (اصلاحی) و تبصره الحاقی به ماده مذکور انجام می گردد.

5-ماده 31 قانون محاسبات عمومی مصوب1/6/1366:
ذیحساب ماموری است که بموجب حکم وزارت امور اقتصادی و دارایی از بین مستخدمین رسمی واجد صلاحیت به منظور اعمال نظارت و تامین هماهنگی لازم در اجرای مقررات مالی و محاسباتی در وزارتخانه ها و موسسات و شرکتهای دولتی و دستگاههای اجرایی محلی و موسسات و نهادهای عمومی غیر دولتی به این سمت منصوب می شود و انجام سایر وظایف مشروحه زیر را بعهده خواهد داشت:
1- نظارت بر امور مالی ومحاسباتی و نگاهداری و تنظیم حسابها بر طبق قانون و ضوابط ومقررات مربوط وصحت و سلامت آنها
2- نظارت بر حفظ اسناد و دفاتر مالی
3- نگاهداری و تحویل و تحول وجوه و نقدینه ها و سپرده ها و اوراق بهادار
4- نگاهداری حساب اموال دولتی و نظارت بر اموال مذکور
تبصره 1- ذیحساب زیر نظر رییس دستگاه اجرایی وظایف خود را انجام می دهد.
تبصره 2- ذیحساب موسسات و نهادهای عمومی غیر دولتی موضوع ماده 5 این قانون در مورد وجوهی که از محل درآمد عمومی دریافت می دارند، با حکم وزارت امور اقتصادی و دارایی و با موافقت آن دستگاه منصوب خواهند شد

6- ماده 103- قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت مصوب 27/11/80 مجلس شورای اسلامی
اجازه داده می شود کل اعتبارات هزینه ای تملک داراییهای سرمایه ای و اختصاصی دانشکاهها و موسسه های آموزش عالی و پژوهشی وابسته به وزارتخانه های علوم ،تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان وآموزش پزشکی وفرهنگستانها و مراکز آموزشی و پژوهشی وابسته به سایر دستگاهها گه دارای مجوز از سوی شورای گسترش آموزش عالی می باشد، بر اساس قانون تشکیل هیات امنا ی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی پژوهشی مصوب 1367 شورای عالی انقلاب فرهنگی و قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاههاوموسسه های آموزش عالی و تحقیقاتی مصوب 18/10/1369 مجلس شورای اسلامی و آیین نامه های مربوط در قالب برنامه و طرح بصورت کمک و بدون الزام به رعایت سایر قوانین و مقررات عمومی کشور به استثنای ماده 31 قانون محاسبات عمومی کشورمصوب 1/6/1366 هزینه شود.
وموافقت نامه های طرحهای تملک دارائیهای سرمایه ای مراکز فوق الذکر (به استثناء طرحهای تجهیزاتی) با هماهنگی وزارتخانه های متبوع با سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور مبادله می گردد. انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و مراکز سایر دستگاههایی که دارای مجوز از شورای فوق الذکر و یا مجلس شورای اسلامی می باشند صرفا مشمول مقررات این ماده می باشد.

7-شمول استفاده فرهنگستانها از قانون تشکیل هیاتهای امناء دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب دویست و هفتادوهفتمین جلسه مورخ 25/1/71 شورایعالی انقلاب فرهنگی)
فرهنگستانها بر مبنای تصویب شورای گسترش آموزش عالی وزارتخانه به عنوان موسسه پژوهشی تلقی شده و بنابراین می توانند از قانون تشکیل هیاتهای امناء دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی استفاده نموده و بهره مند شوند.

8-قانون نحوه‌ انجام‌ امور مالی و معاملاتی دانشگاهها و مؤسسات‌ آموزش‌ عالی و تحقیقاتی
ماده‌1 - امورمالی و معاملاتی دانشگاهها و مؤسسات‌ آموزش‌ عالی و تحقیقاتی که‌ براساس‌ مجوزهای‌ رسمی‌ وزارتین‌ فرهنگ‌ و آموزش‌ عالی و بهداشت‌، درمان‌ و آموزش‌ پزشکی تاسیس‌ شده‌ یا می‌شود در‌این‌ قانون‌ (مؤسسه‌) نامیده‌ میشوند صرفا تابع‌‌این‌ قانون‌ و‌ آیین‌ نامه‌های‌ اجرایی آن‌ میباشند.
تبصره‌ - اصلاحاتی که‌در‌این‌ قانون ‌بکار رفته‌ است‌ تابع‌تعاریف‌ مندرج‌ در قوانین‌ و مقررات ‌مربوط میباشد.

ماده2-اعتبارات‌ جاری‌ و عمرانی‌این‌ مؤسسات‌ و همچنین‌ اعتبارات‌ اختصاصی (معادل‌ درآمدهای‌ اختصاصی برآورد شده‌ از سوی‌ مؤسسات‌) همه‌ ساله‌ صرفا در قالب‌ برنامه‌ و طرح‌ به‌ صورت‌ کمک‌ در بودجه‌ کل‌ کشور منظو روتصویب‌ می‌شود.

ماده‌ 3 - تخصیص‌ اعتبارات‌ جاری‌ و عمرانی هر سه‌ ماه‌، حداقل‌ به‌ ماخذ سه‌ دوازدهم‌ بودجه‌ مصوب‌ و درمورد اعتبارات‌ اختصاصی معادل‌ کلیه‌ درآمدهای‌ وصولی که‌ به‌ خزانه‌ واریز شده‌ است‌ ازطریق‌ دستگاه‌های‌ اجرائی ذیربط دراختیار هر یک‌ از مؤسسات‌ قرار میگیرد.

ماده‌4 -کلیه‌ اعتبارات‌ جاری‌ و عمرانی و اختصاصی منظور در قانون‌ بودجه‌ کل‌کشور تا آخر سال‌ مالی قابل‌ تعهد و پرداخت‌ است‌ و مانده‌ وجوه‌ اعتبارات ‌مصرف‌ نشده‌ هرسال‌ به‌ سال‌ بعد منتقل‌ و ضمن‌ بودجه‌ تفضیلی آن‌ سال‌ مؤسسه ‌منظور خواهد شد.

ماده‌ 5 -کلیه‌ مؤسسات‌ موضوع‌‌این‌ قانون‌ میتوانند در جهت‌ اجرا و تکمیل‌ پروژه‌ها و برنامه‌های‌ آموزشی وتحقیقاتی و عمرانی از هدایا و کمکهای‌ مردمی‌استفاده‌ نمایند و نحوه‌ هزینه‌ کردن‌‌اینگونه‌ کمکهای‌ مردمی‌تابع‌‌آیین‌ نامه‌ای‌ خواهد بود که‌ به‌ پیشنهاد هیات‌ امناء مؤسسات ‌ذیربط به‌تصویب‌ وزارتین‌ مربوطه‌ برسد.

ماده‌ 6 - به‌ وزارتین‌ فرهنگ‌ و آموزش‌ عالی و بهداشت‌، درمان‌ و آموزش‌ پزشکی اجازه‌ داده‌می‌شود درجهت‌‌ایجاد تسهیلات‌ لازم‌ برای‌ احداث‌،تعمیر،نگهداری‌ وخدمات‌ سلف‌ سرویس‌ها، خوابگاه‌های‌ دانشجویی و تامین‌ مسکن‌ اعضای‌ هیات‌ علمی، شرکت‌ سهامی‌خاص‌ تاسیس‌ نماید که‌ اساسنامه‌‌این شرکتها با پیشنهاد مشترک‌ وزرای‌ فرهنگ‌ و آموزش‌ عالی و بهداشت‌، درمان‌ و آموزش‌ پزشکی به‌ تصویب‌ هیات‌ وزیران‌ خواهد رسید.

ماده7-‌این ‌مؤسسات‌ مکلفند حساب‌ کلیه‌ اعتبارات‌ وهزینه‌ها را نگهداری‌ و صورتحساب‌ دریافت‌ وپرداخت‌ هر ماه‌ و حساب‌ نهایی هر سال‌ را تنظیم‌ و پس‌ ازگواهی ذیحساب‌ به‌ همراه‌ اسناد و مدارک‌ مربوطه‌ جهت‌ رسیدگی یا حسابرسی دراختیار دیوان‌ محاسبات‌ قراردهند و یک ‌نسخه‌ ازصورتحساب‌ دریافت ‌و پرداخت‌ هرماه‌ و حساب‌ نهایی هر سال‌ را به‌ وزارت‌ امور اقتصادی‌ و دارایی ارسال‌ نمایند.

ماده‌ 8 - ‌این مؤسسات‌ مکلفند گزارش‌ عملیات‌ انجام‌ شده‌ سالانه‌ را براساس‌ اهداف‌ پیش‌بینی شده‌ در بودجه‌، به‌ کمیسیونهای‌ برنامه‌ و بودجه‌ و فرهنگ‌ و آموزش‌ عالی و بهداری‌ و بهزیستی مجلس‌ شورای‌ اسلامی‌و سازمان‌ برنامه‌ و بودجه‌ ارسال‌ نمایند.

ماده‌ 9- ‌آیین‌ نامه‌ اجرایی هریک‌ ازموارد فوق‌ برحسب‌ نیاز به‌ پیشنهاد هیات‌ امناءی‌ مؤسسات‌ مربوطه‌ وتصویب‌ مشترک‌ وزرای‌ فرهنگ‌ و آموزش‌ عالی و بهداشت‌، درمان‌ و آموزش‌ پزشکی قابل‌ اجراخواهد بود.
تبصره‌ - ترکیب‌ هیاتهای‌ امناء مطابق‌ مصوبه‌ جلسات‌ 181 و 183 مورخ‌ 9 و 23/12/67 شورای عالی انقلاب‌ فرهنگی تعیین‌ می‌شود.

ماده10 - ‌این‌قانون‌ از اول‌ سال‌ 1370 لازم‌الاجرا بوده‌ و از تاریخ‌ مذکور قانون‌ محاسبات‌ عمومی‌کشور وآئین‌ نامه‌ معاملاتی دولتی به‌ استثنای‌ ماده‌ 31 قانون‌ مذکور درمورد‌این‌ مؤسسات‌ نافذ نخواهد بود.
قانون‌ فوق‌ مشتمل‌ بر ده‌ ماده‌ و دو تبصره‌ در جلسه‌ علنی روز سه‌شنبه‌ مورخ‌ هیجدهم‌ دیماه‌ یکهزاروسیصد وشصت‌ و نه‌ مجلس‌ شورای‌ اسلامی‌تصویب‌ ودرتاریخ‌ 26/10/69 به‌ تایید شورای‌ نگهبان‌رسیده‌ است‌.

9- مصوبه راجع به اموال دانشگاهها و موسسات آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری-وزارت بهداشت، درمان وآموزش پزشکی هیات وزیران در جلسه مورخ 7/6/80 بنا به پیشنهاد رییس جمهور و به استناد اصل یکصدو سی و چهارم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در خصوص اختلاف نظر وزارتخانه های علوم، تحقیقات و فناوری وامور اقتصادی و دارایی در مورد مقررات حاکم بر اموال دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و با توجه به ماده10قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاهها وموسسات آموزش عالی و تحقیقاتی- مصوب 1369- تصویب نمود:
کلیه اموال دانشگاهها و موسسات آموزش عالی قانونی و مصوب شورای گسترش دانشگاهها مشمول آیین نامه مالی و معاملاتی دانشگاهها بوده و از شمول قانون محاسبات عمومی به جز ماده 31 مستثنی می باشد.